3211-支持的 Python 版本

编译：沈维燕
原文：https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/python.html

Galaxy 的核心功能目前支持 Python >=3.7。

如果 Galaxy 排斥你正在使用的 Python 版本：

  1. 完全删除 Galaxy 使用的 Python virtualenv（可以使用 GALAXY_VIRTUAL_ENV 环境变量配置，默认为 .venv ），例如： rm -rf /path/to/galaxy/.venv。
  2. 如果您在 conda 环境中使用 Python（可以使用 GALAXY_CONDA_ENV 环境变量进行配置，默认为 _galaxy_），请将其删除，例如： conda env remove -n _galaxy_。
  3. 让 Galaxy 知道要使用哪个 Python 的方法有以下几种：
  4. 如果您想从 conda 使用 Python，只需激活 base 环境，Galaxy 将为自己创建一个新的 conda 环境。

  5. 否则：

    • 确保安装了受支持的 Python 版本。
    • 验证您要使用的 Python 解释器是否位于 which -a python3 python 输出中的第一个位置（如果您使用的是 Galaxy <=19.09，则为 which -a python ）。如果不是这种情况：
    • 如果您使用的是 Galaxy >= 20.01，只需执行： export GALAXY_PYTHON=/path/to/python。
    • 如果你使用的是较旧版本的 Galaxy，你可以操控你的 shell 的 PATH 变量，将正确的版本置于首位。你可以通过创建一个新目录，将 python 的符号链接添加到其中，并将该目录置于 PATH 的最前面来完成此操作： 
      % mkdir ~/galaxy-python
% ln -s /path/to/python ~/galaxy-python/python
% export PATH=~/galaxy-python:$PATH

  6. 从 Python 2 升级时，删除已编译的 mako 模板： 

    % rm -rf /path/to/galaxy/database/compiled_templates/
    这些模板将在启动 Galaxy 时自动重新生成。

  7. 再次启动 Galaxy。

注意

如果您从源代码编译自己的 Python 解释器，请确保构建了 ssl、sqlite3、curses 和 bz2 模块，并且安装后可导入。这些 “额外” 模块是在编译过程的最后阶段构建的，并且是 Galaxy 框架所需的。如果在 Linux 上进行编译，您可能需要安装适用于 OpenSSL 和 Bzip2 的 -dev 包。您可能还需要使用共享库 (--enable-shared) 构建 Python。