Bioconductor org.Xx.eg.db 系列包

在 bioconductor 的官网里面可以查找到 “OrgDb” 的包大约有 20 个，基本上跨越了我们生物信息分析中最常用的物种啦！

Bioconductor-BiocViews.png

完整链接：http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb

R 安装示例：

BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db", "org.Mm.eg.db", "org.Mmu.eg.db",
      "org.Pf.plasmo.db", "org.Pt.eg.db", "org.Rn.eg.db",
    "org.Sc.sgd.db", "org.Ss.eg.db", "org.Xl.eg.db",
    "org.Gg.eg.db", "org.EcSakai.eg.db", "org.EcK12.eg.db",
    "org.Dr.eg.db", "org.Dm.eg.db", "org.Cf.eg.db",
    "org.Ce.eg.db", "org.Bt.eg.db", "org.At.tair.db",
    "org.Ag.eg.db"))
  1. 人类：org.Hs.eg.db，Homo_sapiens
  2. 小鼠：Bioconductor - org.Mm.eg.db，Mus_musculus
  3. 大鼠：org.Rn.eg.db，Rat
  4. 酵母：org.Sc.sgd.db，Yeast
  5. 飞行类：org.Dm.eg.db，Fly
  6. 拟南芥：org.At.tair.db , Arabidopsis（Arabidopsis_thaliana）
  7. 斑马鱼：org.Dr.eg.db，Zebrafish（Danio_rerio）
  8. 蠕虫：org.Ce.eg.db，Worm
  9. 牛：org.Bt.eg.db，Bovine
  10. 鸡：org.Gg.eg.db，Chicken
  11. 犬类：org.Cf.eg.db，Canine
  12. 猪：org.Ss.eg.db，Pig
  13. 恒河猴：org.Mmu.eg.db，Rhesus
  14. 大肠杆菌 K12 株：org.EcK12.eg.db，E coli strain K12
  15. 非洲爪蟾：org.Xl.eg.db，Xenopus
  16. 按蚊：org.Ag.eg.db，Anopheles
  17. 黑猩猩：org.Pt.eg.db，Chimp
  18. 疟原虫：org.Pf.plasmo.db，Malaria
  19. 酒井大肠杆菌：org.EcSakai.eg.db，E coli strain Sakai
  20. 粘球菌 xanthus DK 1622：org.Mxanthus.db，Myxococcus xanthus DK 1622